Parco nazionale del Gargano
Parco naturale regionale Bosco Incoronata
Riserva naturale Falascone
Riserva naturale Foresta Umbra
Riserva naturale statale Il Monte
Riserva naturale Ischitella e Carpino
Riserva naturale statale Isola di Varano
Riserva naturale Lago di Lesina
Oasi Lago Salso
Riserva naturale Masseria Combattenti
Riserva naturale statale Monte Barone
Riserva naturale Palude di Frattarolo
Riserva naturale statale Sfilzi
Parco nazionale dell'Alta Murgia
Parco naturale regionale Lama Balice
Riserva naturale Salina di Margherita di Savoia
Parco naturale regionale delle Dune Costiere da Torre Canne a Torre San Leonardo
Riserva naturale di Torre Guaceto
Oasi di protezione dell'Invaso Artificiale e del Parco del Cillarese
Parco naturale regionale Salina di Punta della Contessa
Riserva naturale regionale orientata Bosco di Cerano
Riserva naturale regionale orientata Bosco di Santa Teresa e dei Lucci
Parco naturale della Terra delle Gravine
Oasi Palude La Vela
Riserva naturale statale Stornara
Riserva naturale statale Murge Orientali
Riserva naturale regionale orientata Bosco delle Pianelle
Riserva naturale regionale orientata del Litorale Tarantino Orientale
Riserva naturale della Salina dei Monaci e le Dune di Torre di Colimena
Oasi protetta dei Laghi Alimini
Parco naturale regionale Bosco e Paludi di Rauccio
Oasi naturalistica Bacino Costiero Acquatina
Riserva naturale statale di San Cataldo
Riserva naturale Le Cesine
Parco naturale regionale di Porto Selvaggio e Palude del Capitano
Parco naturale Costa Otranto - Santa Maria di Leuca e Bosco di Tricase
Riserva naturale orientata regionale Palude del Conte e Duna Costiera
Area naturale marina protetta di Porto Cesareo
Parco naturale Litorale di Punta Pizzo e Isola di Sant'Andrea
Parco naturale regionale Litorale di Ugento
Bacino dell'Idume